「クイックリファレンス」のウインドウを、Scrivener以外のアプリケーションへ切り替えたときでも開いたままにしておくには、[ウインドウ]→[クイックリファレンスパネルを常に表示]オプションをオフにします。
macOS版 ver.3.1.5にて確認しました。
Windows版 ver.2.9.0.36では、[ウィンドウ]→[クイックリファレンスパネルを最前面に固定する]オプションがありますが、ほかのアプリケーションへ切り替えても表示に影響はないようです。
「クイックリファレンス」のウインドウを、Scrivener以外のアプリケーションへ切り替えたときでも開いたままにしておくには、[ウインドウ]→[クイックリファレンスパネルを常に表示]オプションをオフにします。
macOS版 ver.3.1.5にて確認しました。
Windows版 ver.2.9.0.36では、[ウィンドウ]→[クイックリファレンスパネルを最前面に固定する]オプションがありますが、ほかのアプリケーションへ切り替えても表示に影響はないようです。