向井領治バージョンアップしたらバインダーの上に無用なスペースができた場合に、「Mac版 Scrivener 3.1.5でバインダーの表示がおかしくなる場合」にて回避法を紹介しましたが、それでも無用なスペースが出るといわれる方がいらっしゃいます。
コレクションの表示領域は、仕切り線を上下へドラッグして調整できます。このとき、表示領域に対してコレクションの数が少なければ、スペースができます。これは元々の仕様です。
コレクションを表示してファイルを開き直したときにできたスペースは、本来の仕様である可能性があります。
Mac版 3.1.5の問題では、そもそもバインダーの領域を調整できません。
もちろん、ご紹介した方法で必ず回避できるとはかぎりませんが、コレクション機能に慣れていない場合は確かめてみてください。