向井領治Mac版ver.3.0.3が出ました。大量の修正、挙動変更、機能追加があるようです。［Scrivener］→［アップデートを確認します…］を選んで更新してください。
https://www.literatureandlatte.com/scrivener/release-notes?os=macOS
バグフィックス項目のなかに「Fixed bug whereby text inputs that need marked text (such as Hiragana) might not work properly in certain circumstances, especially on 10.12.」というのがあります。何のことやらさっぱりわかりませんが、もしかしたら一部で発生しているという、ひらがなが勝手に確定してしまう問題かもしれません。当方では発生していないので推測ですが、問題が起きている方は試してみてください。