Scrivener 3 for Macは、Mojaveのダークモードなどに対応した3.1がリリースされましたが、深刻なバグがあったようです。
直販版はすでにリリースされている3.1.1で修正されたようです。
一方、App Storeに並ぶにはAppleの審査を受ける必要があり、しかも運が悪いことに時間がかかっているため、問題があるとされる3.1がストアに出たままになっています。もしもまだ3.1にしていなければ、3.1.1のリリースを待ったほうがよいようです。
https://www.literatureandlatte.com/blog/updated-mac-app-store-release-schedule-policy
【11月29日追記】Mac App StoreでScrivener 3.1.1の配信が始まったようです。