いずれのバージョンでも、日本語の文章を執筆するのに問題はありません。Mac・Windowsともに、Scrivenerで日本語の作品を書かれているプロの作家は何人もいますし、このサイトの主催者も恒常的に使用しています。
TXTのインポートで文字化けしたら
Mac版やiOS版でプレーンテキストをインポートするには、UTF-8である必要があります。これ以外の文字コードでは文字化けします。あらかじめ別のアプリを使ってUTF-8へ変換してください。
Windows版ではプレーンテキストをインポートするときに文字コードを指定できます。UTF-8やShiftJISだけでなく、EUCやISO-2022-JPなども選べます。つまり、必ずしもあらかじめ変換しなくてもかまいません。ただし、文字コードが混在するとScrivenerに限らず混乱やトラブルの原因になりがちですので、自分で常用するものを決めておくとよいでしょう。
インターフェースの日本語化は個別の事情がある
一方、プルダウンメニューやダイアログウインドウなど、インターフェースの日本語化については、バージョンによって対応に差があります。
Mac版 ver.3
主要部分は公式で日本語化されています。ただし、一部は英語のままだったり、日本語訳が誤っていたりすることがあります。なお、『考えながら書く人のためのScrivener入門 ver.3対応改訂版』では、これらについても指摘の上、筆者の訳を紹介しています。
Mac版 ver.2
公式では日本語化されていませんが、日本語化するパッチを有志の方が作成・配布されています。
→「Scrivener日本語化（5年ぶり完成）。」（あまたの何かしら。）
適用方法は前記のWebページで紹介されています。『考えながら書く人のためのScrivener入門』（旧版）でも紹介しています。
iOS版
初期バージョンは英語表示でしたが、現在は主要部分は公式で日本語化されています。ただし、これも一部は英語のままだったり、日本語訳が誤っていたりすることがあります。
Windows版 ver.1
公式では日本語化されていませんが、日本語化するパッチを作成・配布されている方がいます。事情によりURLの紹介は控えますが、検索すればすぐに見つかります。
Windows版 ver.3（RC7）
プルダウンメニューなどは公式で日本語化されています。ただし、一部は英語のままです。また、［ファイル］→［Scrivenerの設定］はなぜかまったく日本語化されていません。