その通りです。文字サイズやフォントの指定、任意の色を使ったマーカーや、アンダーラインなどの装飾が使えます。
RTF(Rich Text Format)は、文書にさまざまなフォント設定や装飾を設定できるファイル形式です。ワープロのうちでももっとも基本的な機能がScrivenerにも備わっているとイメージしてください。
たとえば「いますぐではないが、気になるので後で直したい」とか「これは絶対に残したい、うっかり削除しないように目立たせたい」といったときに、該当個所にマーカーを引くなどの使い方ができます。RTFに関連する機能は、あくまでも自分が原稿を書くために使うのがよいでしょう。
装飾を条件に検索できます。完成原稿で装飾が不要であれば、コンパイル設定で削除できます。
RTFに関連する機能が不要な場合や、あえて使いたくない場合は、使う必要はありません。「内部管理がRTFだから長文を扱うと重くなる」といわれることがありますが、扱う文書の長さや処理速度を優先したい場合は、フォントや装飾に関連する機能を使わずにおけばよいのです。
実際、装飾やスタイルの機能を一切使わなければ、700万字のプロジェクトも十分に扱えます。すべての書式設定を一度に解除するコマンドもあります。
→「Scrivener FAQ|長文を書いていくと重くならない?」